水域生物
由於瓦磘溝水質污染嚴重，水域生態不佳，依照新北市水利局「瓦磘溝排水整治及環境營造規劃報告」針對瓦磘溝進行之生態調查結果，僅大肚魚、吳郭魚2種魚類、底棲生物1種(顫蚓)、水生昆蟲1 目1 科(搖蚊科)、藻類4 門17 種(矽藻類居多，種類貧乏)、浮游動物5 門13 種等。
陸域動物部分，發現之哺乳類均為適應都市開發環境之小獸類如臭鼩及鼠科等，共3種；鳥類共發現5 目16 科24 種，均為適應都市開發環境之常見鳥種；兩棲爬蟲類共發現5 科7 種，兩棲類動物以澤蛙、黑眶蟾蜍之數量較多；蝴蝶類共發現5 科 19 種，由於食草及蜜源植物缺乏，蝴蝶物種及數量不甚豐富。另有台灣特有種2 種(斯文豪氏攀蜥、黑尾劍鳳蝶)、台灣特有亞種4種(斑頸鳩、白頭翁、褐頭鷦鶯、大卷尾)及三級保育類物種1 種(紅尾伯勞)。
陸域植物
陸域植物部分則有56 科102 屬130種，以喬木佔多數(49種，37.7%)，植物屬性以栽培種最多(59種，佔45.4%)。就分佈而言，瓦磘溝沿岸的土地中，蘊含多種台灣原生植物的種子及與馴化的外來種，彼此消長生息，沿岸多構樹、血桐、山黃麻、榕樹、大葉雀榕，中和路到中山路一帶河岸多大榕樹，中和路到中正路一代有濕地草本植物、草地與小喬木，其中靠近中和路河畔植被豐富自然，南支流至匯流口附近多山櫻花，沿岸除自然植生外，亦有人工菜圃、園藝植栽。
血桐
整體來說，瓦磘溝雖因水質污染，致水域生態不佳，但部分段沿岸植生豐富，常可見鷺科鳥類溯河而上，或駐足溪中，或停棲於週邊喬木上，尤其市場附近因多食物來源，黃昏市場及民族市場附近多夜鷺聚集覓食。
夜鷺
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